国有企业代持民营企业股份是否合法需要具体进行分析，如果代持行为是为了掩盖非法目的或规避法律规定的，将不具有法律效力，否则就是合法的。
《中华人民共和国民法典》第一百四十六条行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
《中华人民共和国民法典》第一百五十三条违反法律、行规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
一、国有企业代持民营企业股份行为无效的法律后果是什么
根据民法典规定，国有企业代持民营企业股份行为无效的，自始没有法律约束力，因该行为取得的财产，应当予以返还。
《中华人民共和国民法典》第一百五十五条无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。
《中华人民共和国民法典》第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
二、股权代持协议存在的风险有哪些
1、协议的合法性
目前，司法解释认可了一般情况下代持协议的合法性，但是如果违反了法律的强制性规定，则协议仍将被视作无效。
2、条款约定不明
目标公司的股权在未来存在多种变化的可能性，代持协议应当预见到这些可能发生的变化，并作出相应的约定。
3、实际出资人难以确立股东身份的风险
虽然司法解释肯定了股权代持协议的效力，但是投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东（代持人）主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。
实际出资人想从幕后走到台前，成为法律认可的股东，光凭一纸代持协议是不够的。根据司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。
4、名义股东侵害实际出资人利益的风险
在一般的股权代持关系中，实际出资人在幕后，名义股东则在台前代为行使股东权利，面对各种诱惑，很可能出现名义股东侵害实际出资人利益的情形。
5、名义股东的风险
以上几点，均反映了实际投资人的种种风险，以此看来，似乎名义股东在双方的法律关系中占尽主动，高枕无忧。
但是情况并非如此，名义股东的风险有时并不比实际出资人小。比如：当实际投资人未履行出资义务时，若债权人追索，则名义股东需要在承诺的出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。
6、未来股权转让的税务风险
当然，如果实际出资人和名义股东各司其职良好合作，以上风险也许都能避免。但是代持协议还有一个绕不开的问题——即未来股权转让的税务风险。
当条件成熟、实际出资人准备解除代持协议时，税务问题就随之而来——从外观上看，实际出资人是从名义股东那里受让了股权，当然需要缴税！通常，税务机关对于当事人辩称因为股权代持关系，并未发生股权转让的说法并不认可，要求按照公允价值计算缴税。